Ancêtres communs

$val31
Donner tous les ancêtres communs des $(val69[$m_s]) , et $(val69[$val70]).
$val56

Ancêtre commun le plus proche

$val31
Quel est l'ancêtre commun le plus proche aux $val57 $(val52[$(val36[$(val59[$m_s])])]) , et $(val52[$(val36[$(val59[$val57])])]) ?
$val56

Conv., homol., révers. (groupes)

Pour un caractère donné, on a placé les états pour l'ensemble des taxons (ancêtres compris) pour un caractère morphologique ou anatomique. Ils sont représentés par un signe + ou -. On cherche à comprendre les phénomènes ( , ou ) à l'origine des états de caractère observés dans les taxons actuels. $val171 ?
$val177 ?

Conv., homol., révers. (parcimonie)

On a placé les états de caractère de pour un caractère morphologique ou anatomique. Ils sont représentés par un signe + ou -. Placer de la manière la plus les états de caractères sur les groupes ancêtres (les étiquettes à renseigner sont placées au niveau des noeuds) :

Vous n'avez pas donné la solution la plus parcimonieuse, mais tant pis, cela arrive.

Pour cette hypothèse : $val111 ?
$val112 ?

Conv., homol., révers. (mutations)

Pour un caractère donné, on a placé les états pour l'ensemble des taxons (ancêtres compris) pour un caractère morphologique ou anatomique. Ils sont représentés par un signe + ou -. On cherche à comprendre les phénomènes ( , ou ) à l'origine des états de caractère observés dans les taxons actuels.
On commence par placer les transitions.
Utiliser l'image $(val101[1]) pour indiquer qu'il n'y a aucun changement d'état sur une branche. Utiliser les images du type $val106 pour indiquer une transition d'un état ancestral X vers un état ancestral Y.
$val186 ?
$val192 ?

Conv., homol., révers. (construction)

On a placé les états de caractère de ainsi que celui de l'ancêtre pour un caractère morphologique ou anatomique. Ils sont représentés par un signe + ou -. On demande qu'il y ait au plus $val75 mutations. $val171

Conv., homol., révers. (grp de convergence)

Pour un caractère donné, on a placé les états pour l'ensemble des taxons (ancêtres compris) pour un caractère morphologique ou anatomique. Ils sont représentés par un signe + ou -. Indiquez tous les groupes de 2 taxons pour lesquels le partage de l'état du caractère $val196 résulte de la convergence (qu'elle soit accompagnée ou non de réversion). S'il n'y en a pas, taper 0.
Donnez chaque groupe en donnant les noms des deux taxons qui le composent séparés par une virgule. Le champ de réponse est fourni pour un seul groupe. Cliquez sur ajouter autant de fois que nécessaire le nombre de groupes différents.

Distances : calcul

À partir des distances indiquées sur les branches, calculer la distance entre les $(val55[$(val60[1])]) et $(val55[$(val60[2])]) :

$val58

Apparentements

L'arbre que voici représente les relations entre différents de $val27. .
$val58
Le taxon $(val55[$(val60[1])]) est

Distances : matrice

L'arbre que voici représente les relations entre différents de $val27. . À partir des distances indiquées sur les branches, calculer la matrice des distances entre les :
$val58
  $(val55[$(val38[$m_m])])
$(val55[$(val38[$m_mm])])   

Groupes monophylétiques

$val34 Le groupe formé des $(val53[$(val70[$m_kg])]) , et $(val53[$(val70[$val71])]) est-il un ?
.
Vous vous êtes trompé. Le groupe formé des $(val53[$(val70[$m_kg])]) , et $(val53[$(val70[$val71])]) est un $val57. Quel est leur ancêtre commun le plus proche ? . n'est pas un $val57. Cocher tous les du plus petit groupe $val57 qui les contient.
.
Donner l'ancêtre commun du nouveau groupe.
.
$val56

Conv., homol., révers. (jsxgraph)

On a placé les états de caractère de pour un site nucléotidique. Ils sont représentés par un signe + ou -. On a placé les transitions.
$val180
Cliquez sur les points bleus.

Conv., homol., révers. (homologie)

On a placé les états de caractère de pour un site nucléotidique. Ils sont représentés par un signe + ou -. On a placé les transitions.
Marquer un groupe de taxons pour lequel le partage d'état du caractère résulte de l' . Marquer aussi un ancêtre commun.
Cliquez sur les points bleus. S'il n'y a pas homologie, cliquez en dehors des points bleus.
$val178
Ecrire si le groupe que vous avez tracé est monophylétique on non monophylétique pour l'ancêtre commun que: vous avez donné :

Méthode de parcimonie: Un site

$(val62[$m_K])  $(val65[1;$m_K])  
Voici l'état de caractère de quatre taxons ($val30) pour un site nucléotique. Le site ci-contre est-il ?
Combien de pas évolutifs sont-ils nécessaires dans chacun des arbres pour expliquer l'état du caractère ?

Méthode de parcimonie: Sites informatifs

On recherche les relations de parentés entre les quatre taxons $val31.

Question 1/2 : Marquer les
       
$(val63[$m_K]) $(val66[$m_l;$m_K])
Question 2/2 : Sachant que $(val39[1]) est , seuls trois arbres différents sont envisageables. Ils sont présentés ci-dessous.

Donner le nombre de mutations pour chaque site informatif et pour chacun des arbres ci-dessous ainsi que le nombre total de mutations.

  $m_S Nb. mutations
$(val63[$m_K]) $(val66[$m_l;$m_K])  
Arbre $m_K  
Finalement, cliquer sur l'arbre enraciné obtenu en appliquant la méthode de la
$(val97[1])$(val97[2])$(val97[3])

Apparentements (arbre parenthésé)

L'arbre que voici représente les relations entre différents de $val27. .

$val59

Le taxon $(val55[$(val60[1])]) est

Conseil

Dessiner d'abord l'arbre.

Groupes monophylétiques (parenthésé)

$val34 Le groupe formé des $(val53[$(val71[$m_kg])]) , et $(val53[$(val71[$val72])]) est-il un ?
.
Vous vous êtes trompé. Le groupe formé des $(val53[$(val71[$m_kg])]) , et $(val53[$(val71[$val72])]) est un $val58. Quel est leur ancêtre commun le plus proche ? . n'est pas un $val58. Cocher tous les du plus petit groupe $val58 qui les contient.
.
Donner l'ancêtre commun du nouveau groupe.
.

$val56

$val57

Matrices de distance à partir de sites

  $m_S
$(val63[$m_K]) $(val66[$m_l;$m_K])
Calculer la matrice de distances
  $(val63[$m_m])
$(val63[$m_mm])   

Arbre parenthésé

$val35

$val52

Ancêtres communs (phylo)

$val43
Donner tous les ancêtres communs des $(val75[$m_s]) , et $(val75[$val76]).
$val62

Ancêtre commun le plus proche (phylo)

$val43
Quel est l'ancêtre commun le plus proche aux $val63 $(val34[$(val48[$(val65[$m_s])])]) , et $(val34[$(val48[$(val65[$val63])])]) ?
$val62

Distances : calcul (phylo)

À partir des distances indiquées sur les branches, calculer la distance entre les $(val37[$(val64[1])]) et $(val37[$(val64[2])]) :

$val62

Apparentements (phylo)

L'arbre que voici représente les relations entre différents de $val27. .
$val62
Le taxon $(val37[$(val64[1])]) est

Distances : matrice (phylo)

L'arbre que voici représente les relations entre différents de $val27. . À partir des distances indiquées sur les branches, calculer la matrice des distances entre les :
$val62
  $(val37[$(val48[$m_m])])
$(val37[$(val48[$m_mm])])   

Groupes monophylétiques (phylo)

$val45 Le groupe formé des $(val32[$(val77[$m_kg])]) , et $(val32[$(val77[$val78])]) est-il un ?
.
Vous vous êtes trompé. Le groupe formé des $(val32[$(val77[$m_kg])]) , et $(val32[$(val77[$val78])]) est un $val63. Quel est leur ancêtre commun le plus proche ? . n'est pas un $val63. Cocher tous les du plus petit groupe $val63 qui les contient.
.
Donner l'ancêtre commun du nouveau groupe.
.
$val62

Méthode de parcimonie: phylo

On recherche les relations de parentés entre les quatre taxons $m_E1.

Question 1/2 : Marquer les
       
$(val70[$m_K]) $(val72[$m_l;$m_K])
Question 2/2 : Sachant que $(val67[1]) est , seuls trois arbres différents sont envisageables. Ils sont présentés ci-dessous.

Donner le nombre de mutations pour chaque site informatif et pour chacun des arbres ci-dessous ainsi que le nombre total de mutations.

  $m_S Nb. mutations
$(val70[$m_K]) $(val72[$m_l;$m_K])  
Arbre $m_K  
Finalement, cliquer sur l'arbre enraciné obtenu en appliquant la méthode de la
$(val105[1])$(val105[2])$(val105[3])

Arbre parenthésé (phylo)

$val46

$val56

Arbres de même topologie 1 (phylo)

$val111
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val101    $val110

Arbres de même topologie 2 (phylo)

$val111
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val101    $val110

Arbres de même topologie 3 (phylo)

$val111
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val101    $val110

Arbres de même topologie 4 (phylo)

$val111
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val101    $val110

Arbres de même topologie 1

$val104
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val94    $val103

Arbres de même topologie 2

$val104
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val94    $val103

Arbres de même topologie 3

$val104
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val94    $val103

Arbres de même topologie 4

$val104
Les arbres ont la même : on est passé de l'un à l'autre en faisant des rotations autour de certains . Donner le numéro de ces noeuds en les séparant par des virgules :
$val94    $val103

Site unique : états ancestraux

Sur l'arbre suivant, on a placé les états de caractère pour un site nucléotidique.

Placer les états ancestraux demandant le moins de mutations selon la méthode du . On adjoindra une étoile quand une mutation est absolument nécessaire. Quel est le nombre de mutations minimales ?
Donner les états ancestraux permettant d'obtenir l'arbre le plus :

Site unique : algorithme de Fitch

Sur l'arbre suivant, on a placé les états de caractère pour un site nucléotidique.

Placer les états ancestraux demandant le moins de mutations selon la méthode du . On adjoindra une étoile quand une mutation est absolument nécessaire. Quel est le nombre de mutations minimales ?
Donner les états ancestraux permettant d'obtenir l'arbre le plus :

On suppose que l'état ancestral est $val90. Indiquer les mutations permettant d'obtenir le moins de changements possibles.
Utiliser l'image $(val80[1]) pour indiquer qu'il n'y a aucun changement d'état sur une branche. Utiliser les images du type $val86 pour indiquer une transition d'un état ancestral X vers un état ancestral Y.

Site unique : mutations

Sur l'arbre suivant, on a placé les états de caractère pour un site nucléotidique.

Quel est le nombre de mutations minimales ?
Donner les états ancestraux permettant d'obtenir l'arbre le plus :

On suppose que l'état ancestral est $val86. Indiquer les mutations permettant d'obtenir le moins de changements possibles.
Utiliser l'image $(val74[1]) pour indiquer qu'il n'y a aucun changement d'état sur une branche. Utiliser les images du type $val80 pour indiquer une transition d'un état ancestral X vers un état ancestral Y.

Arbres racinés ou non 1 (phylo)

$val6
$val8

Arbres racinés ou non 2 (phylo)

$val6
$val8

Arbres racinés ou non 3 (phylo)

$val6

Arbres racinés ou non

$val6
$val8

UPGMA : Construction

Voici une matrice de distance entre $val23 taxons ($(val49[1..$val23])). On désire construire un arbre par la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages).

$m_st  $(val50[$(val58[$m_st;$m_m])])
$(val50[$(val58[$m_st;$m_mm])]) $(val53[$m_st;($m_mm-2)*($m_mm-1)/2 + $m_mn])   
  Quel groupe allez-vous former ? Marquez avec la souris :
Vous vous êtes trompé. Les deux taxons du groupe formé doivent être à une distance minimum. Ce n'est donc pas le groupe $m_reply1. Ne vous trompez pas à la prochaine étape, car vous ne pourriez plus continuer.
Donner la distance du noeud formé (ancêtre)
  • au taxon/ancêtre le plus proche du groupe $(val50[$(val58[$(val86[$m_step]);$(val54[$(val86[$m_step])+1;1])])]) :
  • au taxon/ancêtre le plus proche du groupe $(val50[$(val58[$(val86[$m_step]);$(val54[$(val86[$m_step])+1;2])])]) :

Vous avez fait une erreur : regardez sur le dessin les bonnes réponses.

Calculer les distances du groupe formé aux autres taxons ou groupes de taxons.
$m_st  $(val50[$(val58[$(val86[$m_step+1]);$m_m])])
$(val50[$(val58[$(val86[$m_step+1]);$m_mm])]) $(val53[$(val86[$m_step+1]);($m_mm-2)*($m_mm-1)/2 + $m_mn])   
$(val35[-1]) $(val35[$(val86[$m_step-2])])
$val13

UPGMA : placer les distances

Le dessin proposé représente l'arbre phylogénétique construit par la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages) à partir de la matrice de distance génétiques entre $m_cnt_feuille taxons, mais il n'est pas à l'échelle : complétez les distances
  $(val50[$(val58[1;$m_m])])
$(val50[$(val58[1;$m_mm])]) $(val53[1;($m_mm-2)*($m_mm-1)/2 + $m_mn])   

UPGMA : 4 taxons

On utilise la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages) pour construire un arbre à partir de la matrice de distance génétique entre $val22 taxons. Parmi les arbres topologiques suivants, lequel peut-il correspondre à cette matrice (l'échelle n'est pas respectée) :
  $(val38[$(val20[$m_m])])
$(val38[$(val20[$m_mm])]) $(val36[$m_mm;$m_mn])   

UPGMA : 5 taxons

On utilise la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages) pour construire un arbre à partir de la matrice de distance génétique entre $val22 taxons. Parmi les arbres topologiques suivants, lequel peut-il correspondre à cette matrice (l'échelle n'est pas respectée) :
  $(val38[$(val20[$m_m])])
$(val38[$(val20[$m_mm])]) $(val36[$m_mm;$m_mn])   

UPGMA : 6 taxons

On utilise la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages) pour construire un arbre à partir de la matrice de distance génétique entre $val22 taxons. Parmi les arbres topologiques suivants, lequel peut-il correspondre à cette matrice (l'échelle n'est pas respectée) :
  $(val38[$(val20[$m_m])])
$(val38[$(val20[$m_mm])]) $(val36[$m_mm;$m_mn])   

UPGMA : 7 taxons

On utilise la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic averages) pour construire un arbre à partir de la matrice de distance génétique entre $val22 taxons. Parmi les arbres topologiques suivants, lequel peut-il correspondre à cette matrice (l'échelle n'est pas respectée) :
  $(val38[$(val20[$m_m])])
$(val38[$(val20[$m_mm])]) $(val36[$m_mm;$m_mn])   

WPGMA : Construction

Voici une matrice de distance entre $val23 taxons ($(val49[1..$val23])). On désire construire un arbre par la méthode WPGMA (Weighted Pair Group Method using Arithmetic averages).

$m_st  $(val50[$(val58[$m_st;$m_m])])
$(val50[$(val58[$m_st;$m_mm])]) $(val53[$m_st;($m_mm-2)*($m_mm-1)/2 + $m_mn])   
  Quel groupe allez-vous former ? Marquez avec la souris :
Vous vous êtes trompé. Les deux taxons du groupe formé doivent être à une distance minimum. Ce n'est donc pas le groupe $m_reply1. Ne vous trompez pas à la prochaine étape, car vous ne pourriez plus continuer.
Donner la distance du noeud formé (ancêtre)
  • au taxon/ancêtre le plus proche du groupe $(val50[$(val58[$(val86[$m_step]);$(val54[$(val86[$m_step])+1;1])])]) :
  • au taxon/ancêtre le plus proche du groupe $(val50[$(val58[$(val86[$m_step]);$(val54[$(val86[$m_step])+1;2])])]) :

Vous avez fait une erreur : regardez sur le dessin les bonnes réponses.

Calculer les distances du groupe formé aux autres taxons ou groupes de taxons.
$m_st  $(val50[$(val58[$(val86[$m_step+1]);$m_m])])
$(val50[$(val58[$(val86[$m_step+1]);$m_mm])]) $(val53[$(val86[$m_step+1]);($m_mm-2)*($m_mm-1)/2 + $m_mn])   
$(val35[-1]) $(val35[$(val86[$m_step-2])])
$val7