R - Charge de peptides
Quelle est la charge nette de ce peptide à pH 7.2 ?
$val14
Charge nette :
I - Formule des acides aminés
Dessiner, à l'aide de l'applet, la formule $val15.
Ne pas afficher les atomes C et H.
B - Le code à trois lettres
Quels acides aminés sont désignés par ces lettres dans le code à une lettre ? Donnez le nom de chacun d'eux dans le code à trois lettres (sous la forme Xyz). | $(val12[1]) |
|
|---|
| $(val12[2]) |
|
|---|
| $(val12[3]) |
|
|---|
C - Le code à une lettre
Quelle lettre désigne cet acide aminé dans le code à une lettre ?
$(val11[1]) :
G - Identification des acides aminés II
Faites correspondre à chaque acide aminé sa formule.
X - Cystine
A partir de deux molécules de $val12, former la cystine.
V - Quel est ce dipeptide ?
Donner la séquence de ce dipeptide. $val15
Vous pouvez faire tourner la molécule.
Y- Diversité des chaînes latérales
Les chaînes latérales des acides aminés sont diverses par leur taille, leur forme, les interactions qu'elles peuvent établir, leur réactivité chimique. ettez en relation chaque acide aminé avec la propriété qui lui correspond.
A - Qu'est-ce qu'un acide aminé
Tous les acides aminés ne se retrouvent pas dans les protéines. Les acides aminés présents dans les protéines sont des acides α-aminés. Cochez la formule qui correspond à un acide α-aminé :
Les acides aminés qui se retrouvent dans les protéines sont de configuration L. Cliquez sur la formule correspondant à un acide aminé de la série L.
Certains acides α-aminés de configuration L, comme l'ornithine ou la citrulline sont des intermédiaires métaboliques mais ne se retrouvent pas dans les protéines. Voici les formules de l'ornithine et de la lysine. Cliquez sur la formule de la lysine.
M - Hydrophobe / Hydrophile
Le caractère hydrophobe ou hydrophile des acides aminés va déterminer le type d'interactions qu'ils établissent (avec une bicouche lipidique et des surfaces hydrophobes ou avec un solvant aqueux). Classer ces acides aminés en fonction du caractère hydrophobe croissant de leur chaîne latérale :
Une même immunoglobuline peut exister sous forme membranaire ou être sécrétée sous forme soluble. Ces deux séquences se trouvent dans la partie C-terminale d'une immunoglobuline. Quelle séquence correspond à la forme $(val15[1])
F - Identification des acides aminés I
Ces acides aminés ont une chaîne latérale $(val6[-1]). Lequel est $val13 ?
H - Identification des acides aminés III
Écrire (en majuscule) le code à une lettre de l'acide aminé suivant : $val11
Vous pouvez faire tourner la molécule.
H - Identification des acides aminés IV
Écrire le nom de l'acide aminé suivant $val12
Vous pouvez faire tourner la molécule.
O - Ionisation des acides aminés
En solution, les acides aminés fixent ou perdent un proton suivant le pH. Modifiez la formule $val14 pour qu'elle corresponde à l'état d'ionisation de la forme majoritaire à pH $val11.
J - Chaînes latérales
Complétez cette formule pour qu'elle corresponde $val11.
S - Liaisons peptidiques (2D)
$val16.
S - Liaisons peptidiques (3D)
$val17
$val19.
Vous pouvez faire tourner la molécule.
N - Liaisons hydrogène
$val12
L - Modifications post-traductionnelles
Modifier la formule $(val14[1]) pour obtenir celle $(val14[2]) $(val11[3]).
T - Former des dipeptides
Former le peptide $val18.
Aidez-vous des modèles des acides aminés.
U - Former des tripeptides
Former le peptide $val18.
Aidez-vous des modèles des acides aminés,
E - Structure d'un acide aminé (2D)
Voici la formule $val17. Cliquez sur $(val14[$val15;1]).
Voir les instructions dans la rubrique aide.
D - Identifier les atomes (3D)
Voici $val15. Cliquez sur $(val13[$val18;1]).
Vous pouvez faire tourner la molécule. Pour sélectionner un atome, il suffit de cliquer dessus. Pour désélectionner un atome, cliquez une deuxième fois.
P - Courbes de titration de dipeptides
On considère des dipeptides, formés par la répétition d'un même acide aminé. Associer chaque courbe de titration au dipeptide correspondant.
Q - Courbes de titration de tripeptides
On considère des tripeptides, formés par la répétition d'un même acide aminé. A quel tripeptide peut correspondre la courbe de titration ci-dessous ?
xrange 0.1,14 yrange -$val27,$val27 parallel 0,-0.3,0,0.3,1,0,14,grey parallel 7-0.3,-$val27,7+0.3,-$val27,0,1,14,grey arrow 0,0,14,0,8,black arrow 7,-$val27,7,$val27,8,black text black,7.1,0,small,7 text black,13,-0.1,small,pH text black,7.2,$val27,small,Z text black,7.2,4,small,4 text black,7.1,-4,small,-4 plot navy, $val21
K - Modifier la formule
$val15 Modifier la formule $(val12[1]) pour obtenir celle $(val12[2]).
W - Quel est ce tripeptide (I)
Donner la séquence de ce tripeptide : $val16
Vous pouvez faire tourner la molécule.
W - Quel est ce tripeptide (II)
Donner la séquence de ce tripeptide en utilisant le code à une lettre.
$val13
Vous pouvez faire tourner la molécule.